Klasztor w Wąchocku został zbudowany na początku XIII wieku i jest jednym z najpiękniejszych przykładów architektury romańskiej w Polsce. Fundatorem opactwa był biskup krakowski Gedeon (Gedko). Historycy podają, że miało to miejsce w 1179 roku. Prawdopodobnie budowniczym opactwa był Włoch Simon, na co może wskazywać inskrypcja „SIMON” na zachodniej ścianie kościoła. W każdym klasztorze cysterskim przebywało ok. 40–60 zakonników. Przez pierwsze stulecia byli to jedynie cudzoziemcy. Jednak w połowie XVI wieku, w sejmie podjęto uchwałę, która zezwalała polskim nowicjuszom na wstęp do klasztorów. W 1538 roku na sejmie piotrkowskim postanowiono, że opatami mogą zostać jedynie osoby wywodzące się ze szlachty. W ten sposób doszło do szybkiego spolonizowania klasztorów cysterskich na ziemiach polskich.
   W 1260 klasztor został zniszczony przez najazd tatarski, jednak zakonnicy dzięki sile woli i wytężonej pracy powoli przywracali go do dawnej świetności. W przywileju z 1275 książę krakowski i sandomierski Bolesław V Wstydliwy potwierdził dawniejsze nadania oraz poszerzył zakres swobód i przywilejów dla klasztoru. Opactwo wąchockie otrzymało przywilej pozwalający na poszukiwanie kruszców w księstwie krakowskim i sandomierskim. Dzięki temu budowali oni własne huty, co dało początek staropolskiemu zagłębiu hutniczemu. W XVII i XVIII wieku polscy cystersi prowadzili warsztaty budowy organów, z nich pochodzą m.in. organy w Wąchocku, Sulejowie, Jędrzejowie oraz najbardziej znane w Oliwie. Upadek zakonu cystersów nastąpił w Polsce w XIX wieku na skutek kasacji przez władze zaborcze. W 1818 roku rozwiązano także zakon cysterski w Wąchocku. Część klasztorów cysterskich odrodziła się dopiero po drugiej wojnie światowej. Wówczas dokonano rewindykacji klasztorów w Jędrzejowie, Oliwie, Henrykowie, a w 1951 roku także w Wąchocku. Chlubną kartę w dziejach zapisało sobie opactwo wąchockie, dzięki patriotycznej postawie mnichów w XIX i XX w. Przez teren klasztoru przewijały się oddziały powstańcze z 1863 r. gen. Langiewicza i Czachowskiego. W okresie drugiej wojny światowej oddziały majora Hubala oraz partyzanci „Ponurego” i „Nurta” także często korzystali z pomocy braci zakonnych. To tutaj odbył się pogrzeb majora Jana Piwnika „Ponurego” w 1988 roku, którego prochy sprowadzono z Nowogródczyzny po kilkunastu latach starań. Uroczystość ta stała się wówczas wielką manifestacją narodową i patriotyczną. W 1991 roku przy klasztorze powstała izba pamięci narodowej, a w 1995 roku ukończono pracę nad utworzeniem Panteonu Pamięci Podziemnego Państwa Polskiego 1939–1945.
   Kościół w Wąchocku jest trójnawową, czteroprzęsłową bazyliką z transeptem (nawa poprzeczna) i jednoprzęsłowym prezbiterium z bliźniaczymi prostokątnymi kaplicami po bokach. Przęsła przykryte sklepieniami krzyżowo-żebrowymi. Zachowało się też wschodnie skrzydło klasztoru z zakrystią, kapitularzem, dormitorium i fraternią. W skrzydle południowym najbardziej okazałą, reprezentacyjną salą jest refektarz. Z kolei Kapitularz, którego sklepienie krzyżowo-żebrowe wsparte jest na czterech kolumnach z bogato rzeźbionymi głowicami, uznawany jest za najpiękniejsze tego typu romańskie wnętrze w Polsce. W XVII wieku dobudowano w stylu barokowym elewację frontową opactwa z wysoką (30 m) wieżą pośrodku, tzw. „wieżą Rakoczego", która spełnia także rolę
dzwonnicy. W dolnej części wieży jest główne wejście do klasztoru z renesansowym portalem i łacińskim
napisem TUTESIRECTE (bezpiecznie, jeśli uczciwie) oraz datą 1643.